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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已出现出多方面的生态学活力，涵盖抗恶性肿瘤和抗虫毒功用。一般性，三萜是用甲羟戊酸路径合出的，并从天然观赏植物观赏植物和真菌感染中提现。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上展现了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的调查文。该调查察觉三萜类氧化物虫草粉酸（GA）是凭借流体培植的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物图片转换生成的。进行转录组和核血清组学技術进十步探秘无柄野生虫草菌丝体中DHT生成两类野生虫草酸（GA）的机理，并利用多个学技術检验到的不同之处性DNA和不同之处性核血清，得出DHT 菌物镶嵌 GA 的路线。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和功效区分

完成对无柄灵芝粉病菌菌丝体使用转录组测序共能够得到67230个转录本和14299个单什么是dna。在等等单什么是dna中，494个被检验为的差异表示什么是dna（DEGs），中间213个表示上浮，279个表示变动（图1A）。GO聚集探讨后，DEGs包含菌物环节（BP）、神经元膜组分（CC）和团伙技能（MF）3类。在BP等级分类中，造成了前三子等级分类：四环素工业制硝酸分解环节，乙酸盐分解环节和甲酸盐分解环节;而在CC等级分类中，神经元膜外区、突触软型体、突触构成是前三亚类。而对于MF等级分类，甲酸脱氢酶（NAD）催化特异性、氧化的修复酶催化特异性和酸氨（或酰胺）接入酶催化特异性是前三亚等级分类（图1B）。在DEGs的KEGG电磁波通道探讨中，前30条聚集度极限的电磁波通道有27条一种分解，中间甲烷气体分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解电磁波电磁波通道不错聚集（图1D）。

图1|转录成分析和作用几大类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

在对无柄灵芝粉念珠菌菌丝体开展血清质组学分享，共计判别了16,457种特别肽、2606种血清质和2588种定量数据信息阐述血清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的选择必备条件下，这2606种血清质中，94种被签别为性别一定的差异表现血清（DEPs），这中仅52种上浮，42种降低（图2A），图2C出现了性别一定的差异表现血清的聚类数据信息阐述分享热图。从GO分享分折，BP品目出现，基本都数DEPs完成醋酸钠盐新陈新陈分解率转化历程、抗菌药可分解掉新陈新陈分解率转化历程和肿瘤药物可分解掉新陈新陈分解率转化历程。CC类DEPs在上皮細胞外区、过腐蚀物酶体和微体中占配比至高，腐蚀修复酶活性氧酶和甲酸脱氢酶（NAD）活性氧酶在MF类中DEPs的配比至高（图2B）。与转录组結果相拟，KEGG径路分享出现，有很多DEPs在新陈新陈分解率转化中丰度，这中仅3条最丰度的经由是光合海洋怪物中的碳确定、碳新陈新陈分解率转化和MAPK数据信息信号径路（图2D）。显然，在分享GO数据信息库的CC对DEPs开展亚上皮細胞市场定位分享和注脚（图2E），DEPs具体地理分布在上皮細胞质（40.66%）、上皮細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基础理论上是GAs海洋怪物自动合成的具体所在位置。

图2|蛋白酶质组的一定量阐述和模块验正

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

糊口物转换成和差表组待选DEGs和DEPs制作而成了维恩图，有20个对比数据了解形容表观遗传组（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组共设的DEGs/DEPs对其进行聚类算法数据了解，出现 mRNA和蛋清质范围内有1五个调整表观遗传组和五个再降表观遗传组，DEGs和翻泽的DEPs形容品质呈正相应的，对于Pearson的相应的数值数据了解，在转录组和蛋清质组范围内检查测量到相比较高的相应的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检查测量最后体现，E组和C组1一DEGs的表达出爱水平方向地域差异重要，另外9个为调涨DEGs，俩个为降低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表达出爱趋向与转录成分析最后高度。

图3|蛋清质组的定量介绍介绍和特点认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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