在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

探索后果

1、从光敏培养计划内部中去除DNA热塑核氨基酸

是为了隔离光热塑核营养物质-DNA混合物适用LC-MS深入进行分析，著者开发设计打了个种性质发生变化纯化规划，可从DNA中去否则热塑核营养物质，仅在直晒时按照采取表观遗传组触碰生物富集DNA热塑核营养物质。用TRIZOL添加染料质并出掉被抓获的非热塑核核淀粉酶酶酶，接下来将其已经降解以采取RNase消化吸收不良。按照多普勒彩超裁取偶然所得核营养物质热塑DNA的添加物，在硫氰酸胍中煮开性质发生变化，并在二脱色硅离心法柱上猛烈干洗以去否则热塑核营养物质就此已完成。按照核酸酶工作从DNA中保持光热塑核核淀粉酶酶酶，并采取胰核核淀粉酶酶酶酶消化吸收不良适用LC-MS深入进行分析。该策略被命名为核营养物质热塑DNA添加或XDNAX。

图1.营养物质质化学交联DNA分离出或XDNAX步奏图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可间接接触性DNA的核营养素图谱

将光化学交联的方法应用于MCF7聚集血细胞，表明了1,805种得票数淀粉酶，其中的1,191种存有于3个或更加次多次重复中。60%的DNA主动功效组中有核酸紧密联系的GO参考文献标注，在或缺核酸紧密联系参考文献标注的淀粉酶质中，最多的奉献来于核纤层淀粉酶，之后是体验复染质聚集和聚集血细胞分裂主义的淀粉酶质（图2）。

图2 . 可马上触碰 DNA 的淀粉酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇报了DNA双方目的组所暗含的淀粉酶质-DNA画面以及其主要包扩的核苷酸交连肽。这包扩随着（1）球状DNA组合构造域、（2）DNA 组合无章区（IDR）和（3）随着与另一淀粉酶质（列如 组淀粉酶组合淀粉酶）、RNA（列如 剪接细胞）或相分离出来区室（列如 核仁淀粉酶）双方目的而造成 的学习环境表示。

图3 . 可可以接受 DNA的格局域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、定量分析组织细胞扰动过后与DNA结合起来的转录要素

雌缴素肾上腺素受体α（ESR1）驻留着胞质溶胶中，到撞见其配体，激发易位到肿瘤上皮细胞膜核，在哪点它与人类基因组中的当前部分结合起来以修改密码当前的转录子程序。将血清饥饿的MCF7肿瘤上皮细胞膜爆漏于高含水量雌缴素（10 nM 17β-雌二醇）4两半小时，与仿真净化处理的相比肿瘤上皮细胞膜相比患者的DNA共同用途组（图4A）。表中，雌缴素促进后DNA共同用途组中的ESR1增添了30倍（图4B）。总的看来，在1,814个化学发光法的核苷酸质-DNA共同用途中，约有9%显现出大于2倍的为显著變化，并仔细观察到与ESR1拥有共同用途的核苷酸如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌雌性激素外理乳腺癌癌細胞 DNA 相护反应组的按量是比较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

深入分析进去DNA组的血清质以熟知 它是如何才能被读并付诸实践经验的，经常是研发员工另一个长久的追求幸福。DNA组可及性包括以DNA为主的的角度展开深入分析，当然，到目前即可即可，着色质抑菌凝胶中的的血清质与DNA 再次发生物理学主动功能尚不很清楚。适用零间隔光交连，可看见DNA主动功能组中的大多都数血清质，XDNAX新技术将看做血清质-DNA主动功能深入分析的强 手段。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的血清质组学、呈现组学、细胞代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

学习论文资料：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.